Jedną z metod, uznawaną za najbardziej skuteczną w chorobie torbieli pilonidalnej jest operacja chirurgiczna. Można ją przeprowadzić kilkoma metodami, m.in. poprzez nacięcie oraz oczyszczenie i płukanie, wycięcie zatoki, zrobienie kanału i wyłyżeczkowanie martwych tkanek, a następnie zszycie brzegów rany, jak również na usunięciu torbieli wraz z jej kanałami oraz około 0,5 cm marginesem zdrowej tkanki. Ubytek, który powstaje w trakcie zabiegu zwykle uzupełniany jest m.in. przez przesunięcie płatów skóry. Ta radykalna zmiana, choć jest najbardziej inwazyjna, daje bardzo dobre efekty i minimalizuje nawroty.

Ta radykalna metoda, choć jest najbardziej inwazyjna, daje bardzo dobre efekty i minimalizuje nawroty.

Rodzaj znieczulenia do zabiegu ustalany jest indywidualnie na podstawie konsultacji kwalifikującej do zabiegu. 

Po operacji należy ograniczyć aktywność fizyczną. Do czasu wygojenia się rany nie powinno się brać kąpieli w wannie, natomiast po powrocie do zdrowia, należy zwrócić większą uwagę na higienę osobistą, a także zakładanie luźniejszej bielizny.